Nejdříve se vyrovnal s bludy Františka Palackého o českých dějinách: „Nevěříme v žádnou vysokou původní kulturu staroslovanskou (co tu bylo v počátcích dějinného života, dodali Gótové a pak zejména Byzanc – Pekařova poznámka v originálu) a klademe důraz na to, že snad vše, co zahrnujeme pod pojem kultury, vnášela do Čech od počátku jejich státního života cizina. Popatříme-li dnes kolem sebe, není asi ničeho, co vidíme, čím a jak žijeme, nač myslíme a činíme, co by nebylo ovlivněno nebo přímo dáno cizinou. V stoletích minulých, po přetržení cest do Byzance, nebyl sic vliv Evropy, t. j. vliv románské a germánské Evropy, tak rychlý, bezprostřední a přímý jako dnes, ale jako dnes naše technika, hospodářství, ústava, administrativa, právo, věda, literatura, krátce všechen život hmotný, společenský i duchovní jest jen formou nebo přímo kusem pokroku a stavu západoevropského, tak tomu bylo v podstatě i v stoletích minulých… vzor ciziny působil, jak opakuji, do všech stránek života a do všech projevů jeho… Tedy ne pouze stýkání a potýkání podle formule Palackého, ale stálé přejímání, podléhání, sycení se vzorem života a myšlenky pokročilejších sousedů světa germánského a románského jest nejmocnějším a daleko nejvýznamnějším faktem a faktorem našich dějin. Nechci prodlévati u otázky, pokud platí tato these o všech národech evropského kruhu kulturního – není jistě žádného, jenž by nepodléhal příkladu a vzoru pokročilejšího souseda. Na př. o Němcích středověku platí velkou měrou totéž, co bylo pověděno o závislosti Čechů na cizí vyšší kultuře souseda: Němci nám tenkrát jen prostředkovali pokroky, jimž se sami v sousedství naučili, podobně my podobnou roli prostřednickou hráli v středověku zejména směrem do Polska… Na rozdíl od Palackého a jeho pojetí třeba zdůrazniti, že jest to podíl v myšlenkové a mravní snaze, k níž nás vychovala, již k nám vnesla cizina, nikoliv něco, co by nezávisle od Evropy vyrostlo samo z českého ducha a prostředí. A druhým faktorem nesmírného dějetvorného účinu jest naše geografická poloha mezi národy, v tom především naše poloha mezi Němci. Měla vliv směrem několikerým; vytkněme z toho to nejdůležitější. Především byli to Němci, jejichž prostřednictvím a v jejichž rouše vstupovaly k nám pokroky, vzory a duchovní směrnice Evropy – nezapomínám přímých styků s Italií nebo s Francií, Anglií, Španěly, Nizozemím, ale německé prostředkování i německé vlivy přímé měly nepochybnou převahu. Při tom pro dobu středověkou třeba položiti důraz na to prostředkování – dnes na příklad víme na rozdíl od doby Palackého, že ani feudalismus není zjev původem německý nebo germánský, ani že to nebyli Němci, kteří stvořili stav městský se vším, co s tím novotvarem ohromné sociální, hospodářské i kulturní důležitosti souviselo – ale byli to Němci, kteří jej od západu převzali a k nám v německé podobě vnesli.

Co dále? Od počátku svých dějin byli jsme závislí na moci německé i politicky – zdatnosti (i vojenské zdatnosti – Pekařova poznámka v originálu) našeho kmene, chráněné poloze země i dobré politice našich panovníků se sic podařilo zlomiti nebezpečí této závislosti a konečně dáti státu českému přední, privilegované postavení v Říši, dáti českým králům v ruce moc císařův římských. Němec… nás nutil k napodobení, závodění, ke snaze vyrovnat se pokrokům a dovednostem a zámožnosti a moci jeho – i v tom směru měla naše osudová poloha mezi Němci na nás vliv velmi blahodárný; jsme-li v schopnosti hospodářské a průmyslové, jsme-li v administrativě, kázni a pracovitosti dále než ostatní národové východní, děkujeme za to především výchově německé. A třeba říci, že víc než výchově: my se během staletí s Němci promísili mnohonásob, přijali mnoho krve německé do svých žil, změnili i rasově podstatně svou povahu: má-li dnes čtvrtina Čechů v Čechách jména německá, je to dokumentem nikoli germanisace, nýbrž čechisace, ukázkou kolik asi Němců odcizeno bylo své národnosti na tomto historickém českoněmeckém zápasišti. I ten fakt působil ovšem nesmírně na naši míru odolnosti vůči Němcům a na naši snahu vyrovnati se jim – Němci se zčásti počeštili jazykově, my poněmčili vlastnostmi a schopnostmi.“ Kdo ze čtenářů se začal nad právě přečtenými slovy Josefa Pekaře nelibostí ošívat, je český národovec ovlivněný líbivými, leč lživými pohádkami o minulosti skvělého národa Čechů definovaného jazykově.

Možné východisko pro soužití mezi oběma zemskými národy skýtala i Pekařova slova zveřejněná v roce 1935 v Peroutkově Přítomnosti. Poté, co o sobě konstatoval, že je český nacionalista, posuzující všechny důležité otázky na základě kritérií prospěchu národní společnosti (!), uvedl: „Sedm set let obývá německá menšina s námi v této zemi a srostli jsme spolu a prostoupili místně, hospodářsky, ba i duchovně, že na rozchod není rozumné pomyšlení. Společný státní život staví nás neustále před stejné potřeby a problémy, takže vzájemné dohadování a dorozumívání jest nezbytností. Jsme si krví a vlastnostmi mezi všemi národy nejbližší – to vše způsobilo odvěké míšení v staletém soužití (počeštili jsme Němců více, než oni nás poněmčili) a podléhání výchovnému příkladu a vlivu Němců… Vše záleží na tom, budou-li míti naši vůdčí činitelé dostatek politického rozmyslu a odvahy, aby našli cestu k řešení, jež by důvodným žalobám a stížnostem vyšlo vstříc a dovolilo Němcům znáti se bez sebezapření k našemu státu a jeho budoucnosti.” Jak Pekař správně předvídal, soužití s Němci se nezdařilo kvůli militantnímu českému nacionalismu, který nepřipouštěl, že by jazykovým Čechům nepříslušelo výhradní právo rozhodovat o československém státě.

Josef Pekař vyvrací bajky o mírumilovnosti Čechů a Slovanů a objasňuje etymologický transfer z latinského výrazu pro otroka (sclavus, plurál: sclavi, sclaveni), v moderních jazycích Sklave, schiavo, esclave, slave, slaaf na označení Slovana: Slawe, slavo, Slave, Slav, Slaaf vzniklo pouhým vypuštěním latinského „c“ z výrazu pro otroka: „Otroků si musíme představiti v každém knížectví počet nemalý; byli původu domácího, otroci rodem i otroci z trestu; byli i ze zajatců nabytých v bojích s nepřáteli; trhy na otroky v podhradích lákaly i daleké obchodníky z krajů románských ba i orientálních; arabský popis zemí slovanských, vyšlý původně ze záznamů takového židovského otrokáře z doby Boleslava II., zachoval nám prvá cenná data o situaci a povaze slovanského světa. Nekonečná širokost zemí slovanských a tím nepřeberné množství vývozního zboží otrockého vysvětlují, že na trzích zemí románských a germánských na západě stalo se jméno Slovana a otroka synonymem… mluvíce o poměru a vztahu prvých Slovanů českých ke Germánům, musíme se rozejíti se staršími theoriemi o zásadních rozdílech mezi oběma světy, zejména v nauce o holubičí nebo rolnické mírumilovnosti Slovanů na rozdíl od bojovných, tvrdých Germánů – u Čechů aspoň této protivy nenalézáme. České kmeny té doby, o níž mluvíme, jsou státně organisovány na vojenském základě podobně jako Germáni (proč a jak Germáni Slovany předstihli kulturou, zejména Germáni v mezích bývalé římské říše usídlení, nepotřebuje, tuším, výkladu – Pekařova poznámka v originálu), a co povahy se týče, dosvědčují nám souhlasně soudobé výroky cizí i domácí, že právě Čechové byli pověstni svou divokou bojovností, ‚národ, jenž se nad jiné národy za divočejší samou povahou svou pokládá‘, čteme o nich u Kristiána, ‚Čechy zuřivější než jejich šelmy‘, čteme o nich v době Karla Velikého, že tato surová energie vybíjela se víc ve vzájemných zápasech a nenávistech vnitřních, nedovedouc pravidlem sjednotiti svou sílu proti cizině, jest faktem, jenž nám poněkud vysvětluje, proč staří Slované přes svou početnost a své schopnosti byli takovou měrou státně organisováni nebo ovládáni cizinci.“ Neschopnost Slovanů si vládnout potvrzuje i ruský historik Andrej Zubov, který cituje z letopisů, zejména z Psovského, že Slované museli v polovině 9. století vyzvat své bývalé vládce Varjagy (švédské Vikingy), aby se vrátili a znovu jim vládli, protože po jejich vyhnání upadly slovanské kmeny do krutých bojů a vraždění mezi sebou. Panovala mezi nimi taková nevraživost, že o dohodě o znovunastolení míru bez cizího zásahu nemohlo být ani řeči.

V roce 1912 se Josef Pekař pustil i do lží Tomáše Masaryka. Podle Pekaře české národní vědomí a český národní cha­rak­ter nemohou být výsledkem reformace, jak tvrdí Masaryk, protože by tak nemohly přežít období protireformace po Bílé hoře. Pekař zdůraznil, že Masaryk záměrně přizpůsobil vlastním potřebám romantický přístup Františka Palackého k dějinám. Podle Johanna G. Herdera, s nímž jak Palacký, tak Masaryk vehementně souhlasili, by Slované měli být mírní, trpěliví a míru­milov­ní, na rozdíl od agresivních Germánů. To implikuje závěr, že Poláci nebo Rusové jsou nebojovní, což je nesmysl. Pekař kri­ti­zoval, že Masaryk z dějin vybírá cokoliv, co odpo­vídá jeho představě, a pomíjí vše ostatní. Pak shrnul, že Masaryk je spíše agi­tátor než vědec a jeho ctižádost, vášeň, antikatolické cítění a úsilí obracet okolí na svou víru snižují jeho schopnost roz­po­znat strukturu reality. Měl štěstí, že po válce nebyl trestně stíhán podle zákona na ochranu republiky z roku 1923 (č. 50/1923 Sb. z. a n., § 11 Urážka presidenta republiky, odst. 3: „Důkaz pravdy i pře­svědčení o pravdě jest vyloučeno“; trest vě­zení do jednoho roku) jako katolický literát Jakub Deml za kritiku filozofického prohlášení Masaryka, které Masaryk učinil před válkou ještě bez prezidentského úřadu coby občan zaniklého státu.

(S použitím Pekař, Josef: Masarykova česká filosofie. In: Český časopis historický XVIII/1912, číslo 2, Pekař, Josef: O smyslu českých dějin. Rozmluvy, Praha 1990, Zubov, Andrej (ed.): Istoria Rossii, XX. věk. 1894–1939 & 1939–2007. AST/Astrel, Moskva 2009; česky: Dějiny Ruska 20. století – díl I. 1894–1939. Argo, Praha 2014)